Van den Eynde kampte al een tijd met hartproblemen. In februari onderging hij nog een chirurgische ingreep.

Van den Eynde was in de jaren zestig actief in de Vlaamse Beweging, onder meer bij Were Di en Voorpost. In 1968 trad hij toe tot de Volksunie, maar hij verliet die partij na het Egmontpact en belandde in 1979 via de Vlaamse Volkspartij bij het Vlaams Blok. In 1988 werd hij verkozen in de Gentse gemeenteraad en bij de grote doorbraak van de partij kreeg hij een zitje in de Kamer.

Hij bleef tot 2011 federaal volksvertegenwoordiger. Van 1999 tot 2001 was hij ondervoorzitter van de Kamer. Hij legde in mei 2001 die functie neer nadat de meerderheid van de fractieleiders zijn ontslag had geëist wegens zijn aanwezigheid op een bijeenkomst van het Sint-Maartensfonds. Van den Eynde was ook voorzitter van de Kamercommissie Infrastructuur.

Uit de partij gezet

Bij de verkiezingen van 2010 kwam hij niet meer op. In maart 2011 kwam het in de Gentse partijafdeling tot een zwaar conflict, waarna Van den Eynde en vier andere VB-gemeenteraadsleden zich afscheurden. Francis Van den Eynde kondigde aan wel een kritisch lid te willen blijven van het Vlaams Belang. Op 27 juni zette toenmalig voorzitter Bruno Valkeniers hem uit de partij. Dat was het signaal voor oud-parttijvoorzitter Frank Vanhecke om op 11 juli ook het Vlaams Belang te verlaten.

Van den Eynde en Vanhecke riepen bij de gemeenteraadsverkiezingen van 2012 op om voor ede N-VA te stemmen, maar ze werden nooit actief binnen die partij.

In een reactie betuigt Vlaams Belang-voorzitter Tom Van Grieken zijn medeleven aan de familie. ‘De keren dat ik Francis heb ontmoet, heeft hij altijd een warme, oprechte en uiteraard zeer belezen indruk op me gemaakt. Onze partijpolitieke wegen zijn weliswaar op een moment gescheiden, maar altijd bleef hij consequent Vlaams-nationalistisch. Hij dwong respect af van z’n politieke tegenstanders en medestanders.’