Zo werd omikronvariant ontdekt: “Ultiem bewijs dat groepsimmuniteit door besmetting onmogelijk is”

Tulio de Oliveira is de directeur van het Centre for Epidemic Response and Innovation aan de Universiteit van Stellenbosch. Hij leidt ook het Network for Genomic Surveillance in Zuid-Afrika, dat onder meer de genetische samenstelling van het coronavirus in de gaten houdt.

“We merkten op zeker moment een stijging op van het aantal coronabesmettingen in de provincie Gauteng (waar Pretoria en Johannesburg liggen, red.)”, vertelt hij. “Het was maar een kleine stijging, want we telden toen amper een tweehonderdtal nieuwe gevallen in het hele land. Maar ze zette zich door.”

Dat was een rode vlag, omdat Gauteng de provincie was die het zwaarst was getroffen door de deltavariant. “Die hield er extreem huis”, gaat Tulio de Oliveira verder. “Tussen zestig en tachtig procent van de bevolking raakte er besmet volgens serologische tests (die antistoffen in het bloed opsporen, red.). Op vrijdag 19 november besloten we om ons onderzoek naar het genoom (de complete genetische samenstelling, red.) van het virus in Gauteng op te drijven. En op dinsdag 23 november hoorden we van een lid van ons netwerk dat een privaat laboratorium zes genomen binnen had gestuurd van een erg gemuteerd virus.”

Toen het team van Tulio de Oliveira de genomen bestudeerde, sloeg de schrik hem om het hart. “We merkten een mankement op bij één van de genen die we amplificeren bij PCR-tests. Toen we teruggingen naar de nationale data, zagen we dat dit mankement steeds vaker voorkwam bij PCR-tests. De tests werkten nog goed, omdat we in totaal drie genen amplificeren, maar eentje deed het niet. Dat was vreemd. Om er zeker van te zijn dat het niet om een kleine transmissieketen ging maar een wijdverspreide, vroeg ik stalen op van andere laboratoria.”

Tulio de Oliveira belde meteen ook de directeur-generaal van het ministerie van Volksgezondheid. Die zei dat hij 36 uur later en meeting zou opzetten met hem en de minister van Volksgezondheid. “We hadden dus 36 uur om uit te zoeken wat er aan de hand was”, doet hij het verhaal verder. “Tegelijk verwittigde ik de WHO, omdat ik deel uitmaak van een werkgroep die de evolutie van het virus bestudeert.”

De volgende morgen waren meer dan honderd stalen binnengelopen uit meer dan dertig ziekenhuizen in Gauteng. Het ontleden begon. “We analyseerden ook de mutatie van het virus”, aldus Tulio de Oliveira. “We linkten de data aan het falende gen in de PCR-tests, het toenemende aantal besmettingen in Zuid-Afrika en de positiviteitsratio. En langzaam werd duidelijk dat het om een erg plots opduikende variant kon gaan.”

Tegen donderdagochtend waren alle genomen van de stalen binnen. “Ze bleken allemaal van dezelfde variant te zijn. Zo'n honderd willekeurig verzamelde stalen uit heel Gauteng, waarbij telkens dezelfde test mislukte.”

Daarop legde Tulio de Oliveira de resultaten voor aan de ministers van Volksgezondheid én Wetenschap en Innovatie. Zij stelden voor dat hij ze ook zou presenteren aan president Cyril Ramaphosa. Dat gebeurde diezelfde ochtend nog, om half elf. De president besloot die middag meteen een persbriefing te geven. De rest is geschiedenis.

Dat de variant net opdook op de plaats met de hoogste immuniteit onder de bevolking van het land, noemt Tulio de Oliveira zeer opmerkelijk. Immuniteit die er zoals gezegd door besmetting komt, niet door vaccinatie. In heel Zuid-Afrika is immers maar een kwart van de bevolking ingeënt tegen het coronavirus.

“Het is duidelijk dat omikron mensen opnieuw kan infecteren. Dit is het ultieme bewijs dat we niet hoeven te hopen op groepsimmuniteit door het virus te laten circuleren en iedereen te laten besmetten. Vaccinering zal ons waarschijnlijk wél beschermen.”

Dat laatste is volgens biostatisticus Tom Wenseleers inderdaad mogelijk. “Maar dan ga je ervan uit dat die vaccins snel genoeg aangepast en op de markt gebracht kunnen worden”, reageert hij. 

Lees alles over het coronavirus in dit dossier. 

LEES OOK: 

Tweede omikron-besmetting in ons land: “Waarschijnlijk komen er elke dag nieuwe gevallen” (+)

OVERZICHT. Van lockdowns, geen kappersbezoek en monsterboetes tot vliegverbod: deze landen leggen zware beperkingen op aan ongevaccineerden (+)

BEKIJK OOK: