Geboren als Nikolaos Kontogiannis op het Griekse eiland Chios op 7 februari 1935, studeerde de latere metropoliet aan het Theologisch Instituut van Halki (Turkije). Hij studeerde daar in 1957 af en werd in datzelfde jaar tot priester gewijd. In november 1957 kwam hij in België aan, waar hij verschillende parochies stichtte.

Na de oprichting van het Orthodox aartsbisdom van België en Exarchaat van Nederland en Luxemburg door het Oecumenisch Patriarchaat in 1969, werd hij benoemd tot vicaris generaal. In 1974 werd hij tot bisschop gewijd en eind 1982 werd hij verkozen tot metropoliet van België en Exarch van Nederland en Luxemburg. In die functie volgde hij monseigneur Emilianos Zacharopoulos op, de eerste die deze bisschopsstoel bekleedde.

Het was onder het mandaat van Panteleimon Kontogiannis dat de orthodoxe eredienst werd erkend door de Belgische overheid. In 2013 nam hij om gezondheidsredenen ontslag en werd opgevolgd door een van zijn hulpbisschoppen, sindsdien metropoliet Athenagoras Peckstadt.

De uitvaart zal vrijdagnamiddag plaatsvinden op zijn geboorteiland Chios.