De 35-jarige vedette van het Peruviaanse voetbal testte in oktober 2017, tijdens een WK-kwalificatiewedstrijd tegen Argentinië, positief op benzoylecgonine, een stimulerend middel dat in cocaïne wordt verwerkt. Dat middel stond op de verboden lijst van het Wereldantidopingagentschap (WADA).

Hij kreeg een schorsing van een jaar, maar die werd door de Wereldvoetbalbond (FIFA) eind december 2017 teruggebracht tot een half jaar. Zo kon Guerrero meedoen aan het WK voetbal vorige zomer in Rusland. Het TAS ging hier niet mee akkoord en verlengde de schorsing half mei opnieuw tot veertien maanden.

In een ultieme poging voor het Zwitserse Federale Hof van Beroep haalde Guerrero toch zijn slag thuis. Dat orgaan besliste in te gaan op zijn vraag om zijn schorsing te bevriezen tot na het WK. Na de Wereldbeker werd Guerrero verplicht zijn straf van veertien maanden integraal uit te zitten, waartegen hij opnieuw in beroep ging. Ditmaal gaf het Zwitserse Hof van Beroep hem geen gelijk.